Schrodinger Suites2023破解版下载|Schrodinger Suite 2023.2 x64激活教程
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新功能介绍
一、Maestro图形界面
1、使用Ligand Designer [2020-3]快速轻松地执行手动或引导导线优化
·通过自动预测蛋白质-配体的复杂几何形状来“设计方式”
二维白板式设计
没有蛋白质的3D设计配体
通过简单的蛋白质相互作用视图设计3D配体
蛋白质全3D设计
·叠加信息对设计至关重要
查看可用于配体生长的结合袋区域
查看蛋白质配体相互作用，知识兔包括冲突
查看蛋白质和配体表面
查看由WaterMap确定的可替换和可置换水位
识别适合普通药物化学反应的配体键
·引导式工作流程可加快设计速度
生物甾体替代
等排扫描
更换或置换水位
形成其他蛋白质-配体相互作用
环化配体
杂交配体（合并R-基团）
文件中的码头配体
·使用自定义的R-group库和属性过滤器为您的项目量身定制化学
·通过基于属性的雷达图（MW，logP，HBA，HBD，PSA）快速评估分子的适用性。从PT添加用户属性。
·发送喜爱的设计，知识兔以便通过与FEP +的相似性进行等级排序，在LiveDesign中进行后处理和发布，或者发送到Excel
·窥镜全息显示器的渲染性能更快[2020-3]
设定影片
·调整2D叠加层的大小[2020-3]
·允许在蛋白质膜界面选择残基[2020-3]
·3D Builder：从序列中构建DNA和RNA链[2020-3]
二、多序列查看器
现代化设计，新代码，新功能
·从Maestro的主“窗口”菜单或“任务”菜单中快速访问MSV。通过直观，易于导航的界面改善了用户体验，该界面的设计类似于Maestro 11 [2020-3]
支持序列比对和比较，知识兔以及用于设置比对方法和调整参数的选项[2020-3]
执行成对序列比对
执行多序列比对
生成成对比较矩阵：根据相似性，同一性或保守性比较整个序列或选定的列
·分层显示各种来源的信息，知识兔以增强对序列之间差异或相似性的解释[2020-3]
引入全局注释
按属性应用着色
查看属性指标
快速准确地注释抗体CDR环
可以计算丰富的内置序列描述符，并将值显示在序列旁边的指标列中。
通过这些属性可以灵活地上传用户生成的描述符和颜色序列。
·同源性建模：带有复选标记的指导性逐步结构预测工作流，指示已完成的步骤[2020-3]
查找同系物（BLAST）
支持多种类型的模型
简单模型：一个目标，一个模板
嵌合模型：一个目标，多个模板
批处理模型：多个目标，一个模板
多链模型：同聚和异聚
·在工作区中与3D结构的平滑集成[2020-3]
轻松链接和取消链接序列到结构
根据整个序列比对或结合位点比对比对结构
一键式切换拆分和组合链表示形式
按结构性质的颜色顺序
将序列颜色应用于工作空间结构，反之亦然
三、OPLS3e力场
默认情况下使用的Schrodinger-ANI选项可加快拟合速度，可通过FFB GUI [2020-3]获得
四、FEP +
1、FEP +小组[2020-3]
集成ForceField Builder + FEP工作流程
使用QuickView循环浏览边的贴图/热点区域数据
能够清除所有/选定的实验数据
UX改进以显示Core SMARTS
消除冗余的SMARTS模式
突出显示与核心SMARTS匹配的节点
GUI支持更改Lambda窗口数
2、ABFEP小组[2020-3]
支持多配体输入
Web服务支持
五、分子动力学
卸下Desmond CPU [2020-3]
六、混合溶剂MD（MxMD）
包括与每个热点匹配的探针结构[2020-3]
七、共价配体对接
在优化步骤[2020-3]中应用用户定义的约束
支持原子名称中包含’的附着原子（即核酸）[2020-3]
八、配体对接
结合使用机器学习和Glide对接测试版，将Active Learning Glide应用于数十亿个化合物的超大型图书馆的对接[2020-3]
九、宏周期
（可选）通过输入文件为宏环化脚本提供输入[2020-3]
生成融合蛋白肽接头设计，ADC接头以及具有能力连接断开分子的融合二聚体配体（仅命令行）[2020-3]
十、诱导对接
IFD-MD速度提高了约5倍，而不会影响精度[2020-3]
十一、药理模型
简化create_hypoConsensus脚本的应用程序，该脚本现在可以读取* .phypo格式[2020-3]
十二、配体对准
通过允许参考配体进行搜索来改进参考配体的规格[2020-3]
修复了多个错误（例如，回溯，作业启动失败）[2020-3]
基于flex_align的作业生成的默认遵循者的默认数量较少，知识兔以加快计算速度[2020-3]
添加工具提示[2020-3]
澄清高级选项规范[2020-3]
十三、枚举
通过包含描述和名称来改进名称的反应搜索[2020-3]
十四、化学信息学
通过Canvas指纹或属性创建和应用Kohonen自组织地图-测试版[2020-3]
创建并应用单独的分类和连续QSAR模型，完全控制所应用的功能和机器学习-beta [2020-3]
使用kPLS，MLR，PCR，Bayes或递归分区机器学习技术创建并做出预测
使用各种Canvas指纹，原子和分子描述符或用户提供的描述符来创建机器学习模型
可视化来自kPLS模型预测的原子贡献
自动或手动创建测试/训练集拆分
十五、基于经验和基于质量管理的pKa预测
允许在Jaguar pKa中进行常规和自定义的OPLS3e力场进行构象搜索[2020-3]
十六、QM / MM（QSite）
QSite现在支持OPLS3e力场[2020-3]
十七、量子力学
莫斯鲍尔光谱[2020-3]
在将VCD光谱与Spectrum_align.py [2020-3]对准时，知识兔可以选择使用鲁棒峰
计算在一定压力范围内的热化学性质[2020-3]
环链互变异构体现在可以在AutoConf.py工作流程中生成并评分[2020-3]
.cosmo文件用于COSMO-RS计算[2020-3]
从命令行启动的批处理计算现在可以选择输出并分组失败的子作业，知识兔以简化其进一步处理[2020-3]
十八、结合位点表征
通过新的激酶_conservation_analysis.py脚本执行激酶结合位点残基保守性分析[2020-3]
返回独特的残基对，可优化小分子的选择性
原子水平特性标注了在整个基因家族中最独特的残基对
十九、蛋白质同源性建模
从命令行[2020-3]支持增强对所有Prime优化作业（循环预测，侧链预测，结合位点优化等）中的最小化参数的控制
二十、低温电磁
使用PHENIX / OPLS3e自动进行约束权重扫描，知识兔以确定理想权重[2020-3]
PHENIX / OPLS3e-改进稳定性，知识兔支持多coformer，知识兔支持编写PDB文件[2020-3]
二十一、工作流程和流水线
1、支持最新版本的KNIME（v4.2，但包括v4.1.3）[2020-3]
2、作为LiveDesign模型节点上传[2020-3]
将任何LiveReport列作为输入的通用协议
可以将药理学假说添加到LiveReport中
在计算模型下的指定文件夹中创建模型
协议和模型可以通过python脚本上传
避免KNIME版本不兼容的选项
3、滑行配体对接节点中可以使用任何命令行选项[2020-3]
安装激活教程
1、在知识兔下载并解压，如图所示
2、安装软件，知识兔双击setup.exe运行安装程序，知识兔选择软件安装位置
3、知识兔选择要安装的产品，知识兔点击start开始安装，安装完成，退出向导。将破解文件夹复制到安装目录中，知识兔点击替换目标中的文件，默认路径C:\Program Files\Schrodinger2023-
下载仅供下载体验和测试学习，不得商用和正当使用。
